Важной составляющей воспитательной системы гимназии является ученическое самоуправление, которое руководствуется девизом - «В хорошей артели всяк при деле».
История ученического самоуправления Вилюйской гимназии берет свое начало с 1998 года, когда по инициативе группы учащихся было решено провести общешкольную конференцию под названием «Как нам вместе обустроить нашу школу?». Конференция была подготовлена на высоком уровне. Заранее было проведено анкетирование, работало много комиссий, состоявших из учащихся и учителей, которые подготовили проекты по организации жизнедеятельности школы. В работе были задействованы практически все учащиеся школы. На этой исторической конференции обсуждены и приняты основные положения, регулирующие жизнедеятельность гимназии.
В мае 1998 года состоялись первые выборы в Орган ученического самоуправления Большой Совет. Согласно положению о Большом Совете и о выборах в Большой Совет были избраны 7 учащихся на разные посты. Каждый год в середине четвертой четверти избирается новый состав Большого Совета, который будет работать в следующем учебном году. С годами Положение о Большом Совете и Положение о выборах в Большой Совет несколько изменились, общешкольные конференции учащихся имеют право общим голосованием вносить новые правила. Каждый состав Большого Совета вносит свою посильную лепту в развитие ученического самоуправления, имеет свои незабываемые достижения.
Одним из главных достижений первого Большого Совета является участие на I республиканском форуме учащихся «Гражданин нового века». За успешную защиту проекта ученического самоуправления на конкурсе проектов «Будущее школы – глазами ученика» они были награждены Дипломом министра образования и путевкой во Всероссийский детский лагерь «Океан». Принимают активное участие в работе республиканского совета старшеклассников «СУБЭ» при Министре образования РС (Я).
Все последующие лидеры школы стараются достичь еще больших результатов. Члены Большого Совета находят источники привлечения финансовых средств, заключают договора на проведение некоторых видов работ с предприятиями и учреждениями города, поддерживают связь с членами Попечительского совета в Якутске. На традиционных встречах с попечителями обсуждаются проблемные вопросы, задачи перспективного развития школы. Большой Совет сотрудничает с Анастасией Кирилловной Павловой, Анатолием Николаевичем Алексеевым, Федотом Семеновичем Тумусовым, Климентом Кирилловичем Корякиным.
В феврале 2006 года на республиканском семинар-совещании «Гражданско-правовое воспитание школьников» члены Большого Совета выступили с мастер-классом на тему «Ученическое самоуправление в воспитательной системе школы». Большой Совет проводит встречи ученических активов разных школ с целью привлечения учащихся к позитивному взаимодействию и сотрудничеству. В 2005 году Президенты пяти школ подписали договор о сотрудничестве, был принят план работы, школы совместно организуют мероприятия различного плана. В прошлом учебном году был разработан совместный проект Ученического самоуправления Вилюйской гимназии и Открытой (сменной) очно-заочной школы о сотрудничестве.
Также по инициативе учащихся был разработан проект «Создание условий для реализации лидерского и творческого потенциала личности при организации участия ученического коллектива в управлении образовательным учреждением». С этим проектом члены Большого Совета приняли участие на V республиканской образовательной ярмарке «Сельская школа - 2007» - «Развитие сетевых проектов и качества образования», где удостоились номинации «Открытие ярмарки» за лучший сетевой проект «Ученическое самоуправление «Большой Совет».
Учащиеся, получившие опыт общественной работы в школе, нередко участвуют в создании и работе общественных организаций городского, улусного, республиканского уровня, многие становятся лидерами студенческих объединений. Члены Органа ученического самоуправления входят в состав Совета школы, обладают правом голоса при решении важных вопросов, касающихся развития школы. Большой Совет является для учащихся школой лидера.
Самоуправление учащихся